Името му не се среща в античната или средновековната история на нашите земи. На това място някога е имало гъсти, непроходими и необитаеми гори. Западно, в долината на Бяла река, е бил старият Звъниград, от който не е останала и следа. За оказана съпротива турците заличили града, но гордите му и упорити защитници останали непокорени. Дружина от 40 юнаци, начело с Калифер войвода, дълго бродила из района, защитавайки събратята си и всявайки ужас сред османлиите. Турците били безсилни да се справят и затова султанът разрешил на войводата да се засели с момчетата си в гората, като им дал привилегии на дервенджийско село. Хайдутите откраднали моми от Сопот, който се славел с хубавиците си, и така възникнал Калофер.
 
Неслучайно историята на градеца през дългото чуждо владичество е пълна с имена на прочути харамии, хайдути и бунтовници, като се започне с Калифер войвода, дядо Млъчко, Чоно Чорбаджи, Добри войвода, Гълъб войвода и се завърши с гениалния поет и революционер Христо Ботев. На два пъти градът е опожаряван от кърджалиите - през 1799 и 1804 г., но бързо се възстановявал и замогвал. През първата половина на XIX век Калофер, както и всички наши подбалкански градове, достига своя разцвет. Пътешественици отбелязват, че в него е имало над 1000 гайтанджийски чаркове, много тепавици и бояджийници. Калоферските занаятчии и търговци търгували с Цариград, Виена, Одеса, Браила. Неслучайно са го наричали “Алтън Калофер” (Златен Калофер). През 1845 г. е построено ново голямо училище, а през 1871 г. и девическо училище. Били основани различни просветни дружества.
 
Чеда на Калофер са редица видни книжовници и обществени дейци от епохата на Възраждането - Екзарх Йосиф I, Димитър Мутев, Елена Мутева (първата българска поетеса), Христо Тъпчилещов, Иван Шопов (фолклорист и пръв български библиограф) и други. Много калоферци взели участие в четите на Панайот Хитов, Филип Тотю, Хаджи Димитър и Стефан Караджа, Бачо Киро. Към края на османското владичество в околностите на Калофер бродели 15 хайдушки чети. Над 500 калоферци са участвали в хайдушки чети и дружини. През Освободителната война и Калофер имал участта на Карлово и Сопот - опожарен и плячкосан от башибозука. Почти нищо не останало от предосвобожденския Калофер.